Çölyak ise immun sistemin buğday, arpa, çavdar ve bazen yulafta da bulunan gluten proteinine anormal bir tepki vererek ince bağırsaklarda hasara neden olan bir otoimmün hastalıktır. Besin alerjisinde rol oynayan hatta anafilaksiye neden olan IgE antikoru çölyak hastalığında görülmez. Çölyak hastalığı sadece HLA-DQ2 ve DQ8 diye adlandırılan genlere sahip kişilerde ortaya çıkar. Tahmini olarak dünya nüfusunun %30’u bu genleri taşır ancak bu kişilerin hepsinde çölyak hastalığı ortaya çıkmayabilir. Öte yandan bu genleri taşımayan bir kişi kesinlikle çölyak hastalığına yakalanamaz. Teşhis koymak için hastanın hikayesi dinlenir ve kan testleri yapılabilir. Ancak kan testleri %100 doğru sonuç vermediğinden ötürü, kesin teşhis için uzman bir gastroenteroloğun ince bağırsak endoskopisi ve biyopsisi yapması gerekir. Bu tetkikler kişi gluten tüketirken yapılmalıdır. Teşhisi kesinleşen kişiler ömür boyu gluten içeren gıdaları tüketmemelidir. Teşhis koyulamayan ve gluten tüketmeye devam eden hastalarda bağırsaklardaki tahribat nedeni ile anemi, kronik yorgunluk, osteoporoz, dalak hastalıkları, kısırlık, nörolojik sorunlar, cilt kızarıklıkları ve hatta kanser görülebilir.
Anne sütü ile beslenmenin çölyak riskini azalttığını gösteren çalışmalar mevcuttur, hatta çocuğa ilk kez gluten verilirken anne sütü ile de besleniyor olması çölyak riskini azaltır. Kişinin daha önce bağırsak enfeksiyonları geçirmiş olması ve bağırsak florasının bozulup yararlı bakterilerin azalmış olması da çölyak hastalığını tetikleyebilir. Ayrıca buğdayın genetiği değiştirilerek gluten oranının yükseltilmiş olması ve gelişmiş ülkelerde ekmek tüketiminin artması da çölyak hastalığının gelişmesinde önemli bir rol oynamaktadır.
Gluten intoleransı ise hastanın çölyak belirtileri göstermesine karşın kan testlerinin negatif ve endoskopi sonuçlarının normal çıktığı durumdur. Bu duruma çölyak olmayan gluten hassasiyeti denir. Belirtiler çölyakta olduğu gibi karın ağrısı, şişkinlik, gaz, ishal, uyuşukluk, sersemlik, yorgunluk olarak gözlenebilir. Hastanın beslenmesinden gluten çıkarılınca şikayetlerde düzelme görülür, glutenli gıdalar tekrar diyete eklendiğinde ise şikayetler tekrar ortaya çıkabilir. Gluten intoleransının varlığı halen tartışmalıdır çünkü herhangi bir test ile tespit edilmesi mümkün değildir. Çölyak gibi otoimmün bir hastalık olduğu düşünülmez ve çölyaktaki komplikasyonlarla ilişkilendirilmez.Buğday alerjisi bir çeşit besin alerjisidir ve bağışıklık sisteminin bir besine tepki vermesi ile ortaya çıkar. Buğday içindeki protein sindirildiğinde immün sistem tetiklenir ve kaşıntı, kızarıklık, kabarma gibi hafif tepkilere veya nefes alamama, hırıltı, bayılma gibi ciddi tepkilere neden olabilir. Besin alerjisinin ölümcül olma potansiyeli olduğu da unutulmamalıdır. Buğday alerjisi olan kişilerin bir çoğu diğer tahılları tüketebilir, çocukların %20’si buğdayın yanı sıra diğer tahıllara da alerjik tepki verir.
Buğdaya veya gluten içeren tahıllara karşı tepkiler gözlemleyen kişi hemen uzman bir gastroenteroloğa başvurmalı ve gerekli tetkikler ile tepkilerin hangi nedenden ötürü ortaya çıktığı saptanmalı, bu doğrultuda gerekli önlemler alınmalıdır.