Çölyak hastalığının uzun dönem sonuçları kötü beslenme ve besin emiliminin bozukluğu ile ilgilidir.Tedavi edilmemiş çölyak hastalığı kronik kötü sağlık, osteoporoz, kısırlık, düşük, depresyon gibi rahatsızlıklara yol açabilir. Ayrıca ince bağırsak kanseri ve lenfoma gibi rahatsızlıkların ortaya çıkma riski artar. Çocuklarda, boy kısalığı ve davranışsal sorunlar, gelişim eksikliğine neden olabilir.
